یکی از موانع جدی که امر تربیت انقلابی و سیاسی طلاب جامعه المصطفی را مخدوش کرده، استناد به مسائل امنیتی است. اینکه به ما برچسب غیرعلمی می زنند و استناد به یکی دو رخداد قدیمی، دستمایه خوبی برای کسانی شده است که می خواهند این نهاد را مانند دانشگاههای ایران، سکولار کنند!